Wydział mieści się w dwóch budynkach usytuowanych w centrum Katowic.

Pierwszy z nich, równocześnie siedziba władz dziekańskich i dziekanatu, znajduje się przy ulicy Jagiellońskiej, drugi – przy ul. Bankowej 9.

Od 2002 r. Wydział dysponuje dodatkowo pomieszczeniami znajdującym się w kampusie UŚ w Chorzowie, gdzie zostały umiejscowione: Pracownia Dokumentacji Botanicznej z Herbarium oraz bank genów roślin.